Il progetto museografico è stato firmato nel 2004 dagli architetti Giovanni Tortelli e Roberto Frassoni, che hanno operato guidati dall’idea che allestire uno spazio museale significa realizzare un percorso narrativo attraverso un’operazione di lettura, di interpretazione e di comunicazione.
Valutate le proporzioni e le potenzialità degli ambienti hanno delineato i percorsi per il pubblico, tenendo conto delle finalità richieste al Museo, da concepirsi non solo come spazio di conservazione, ma come luogo di conoscenza, di flusso continuo tra memoria e futuro.
Le superfici espositive sono caratterizzate e amplificate da fondali metallici, supporti e pedane coloro grigio caldo dal disegno essenziale, con sottolineature in acciaio e marmo rosso di Asiago. L’intento è stato quello di connotare l’immagine del Museo recuperando delle costanti cromatiche e materiche dell’architettura urbana.
Il sistema di comunicazione interna si basa essenzialmente sulla disposizione delle opere e sulla loro leggibilità, ed è corredato da apparati grafici che consentono di comprendere la relazione univoca che lega alla città e alla Diocesi, di riconoscerle secondo la valenza fissata dalla storia, ma anche di interpretarla in termini di contemporaneità.